1.保证程度不同
二者对财务报表的保证程度是不同的。尽职调查多是被动保证；而审计多是主动保证。
2.侧重点不同
因保证程度不同，两者的侧重点就不同。审计侧重于财务报表的准确和公允；而尽职调查中侧重于对客户商业模式的分析。比如，尽职调查会分析客户分布、竞争对手、供应链，会测算客户复制商业模式的成本、资本需求量、盈利前景等等。
3.出发点不同
审计中我们一般假设客户是友好的，无不良动机，因此审计程序的选择比较传统，基本上照搬标准程序即可。而尽职调查中一般假设客户是奸诈的，有不良动机，因此审计程序的选择相对灵活，会引入更多的调查来确认客户报表所称情况的真实性，包括更多的与普通工人接触聊天、上下游企业询问，以及收集任何其他相关的第三方证据。
4.报告内容不同